В Японии, где бразильцу во что бы то ни стало нужно было победить, чтобы сохранить возможность побороться за титул на Сузуке, Прост пошел на столкновение, и оба они оказались на обочине. Сенна, хотя вернулся в гонку и первым пересек финишную черту, был дисквалифицирован. Проста объявили чемпионом мира, но Деннис подал протест - теперь ему уже было важно видеть победителем не пилота McLaren, а именно Сенну! Дисквалификацию все равно оставили в силе, а Айртона, который не смог сдержаться и откровенно высказал президенту FISA Жану-Мари Балестру все, что о нем думает, оштрафовали и лишили суперлицензии на 1990 год.
После двух лет "гражданской войны" в 1990 году в McLaren наконец воцарилось спокойствие. Балестр, поняв, что решение о недопуске Сенны к участию в чемпионате лишит Формулу-1 ее главной интриги, в феврале отменил его, и теперь бразилец мог не опасаться отдать Просту чемпионат без боя. Его новым напарником стал Герхард Бергер. Пилотам быстро удалось найти общий язык, что, впрочем, не мешало Герхарду часто делать Сенну объектом своих шуток (правда, далеко не всегда удачных).
McLaren Honda-MP4/5, на котором был выигран чемпионат 1989 года, подвергся легкой модернизации, и в 1990 году Сенне за его рулем предстояло отвоевать звание чемпиона у Проста. Победив в Финиксе, Монако и Монреале, после пяти Гран При он шел первым в чемпионате мира. Затем три победы Проста вывели француза в лидеры, но вновь собравшийся с силами Сенна быстро отодвинул его на второе место. "Долг" Просту, остававшийся с прошлогодней Сузуки, Айртон вернул там же, вытолкнув соперника с трассы в первом же повороте, и это означало вторую победу Сенны в чемпионате. Бергер, приглашенный на роль второго пилота, не выиграл ни разу, но очки набирал постоянно, и это помогло McLaren выиграть Кубок Конструкторов, взяв на 11 очков больше, чем Ferrari.
Следующий год начался для McLaren так, как Деннис не мог себе представить даже в самых смелых мечтах: Сенна выиграл первые четыре Гран При - США, Бразилии, Сан-Марино и Монако. В Канаде он сошел, а начиная с мексиканского этапа преимущество оказалось на стороне Williams, чье новое шасси FW14 и мотор Renault явно превосходили MP4/6 и Honda у McLaren. Борьба между Мэнселлом и Сенной продолжалась с переменным успехом. Сенна, несмотря на техническое преимущество Williams, сумел оторваться от Мэнселла и стал трехкратным чемпионом, когда на "Сузуке" Найджел сошел с трассы.
Лидировавший в гонке Сенна притормозил перед финишем и пропустил вперед Бергера, который на протяжении двух лет в McLaren так еще ни разу и не выиграл. Нерешенным оставался только вопрос о победителе Кубка Конструкторов, и здесь пришлось подождать до Австралии, чтобы McLaren досталась эта победа вот уже четвертый год подряд.
Кризис и новый успех
Конец 1991 года стал для McLaren и Сенны апогеем славы, и тем больнее оказалось поражение 1992 года: новый McLaren MP4/7A, прозванный "электронной смертью" (для Williams), оказался очень слабым по сравнению не только с Williams, но и с Benetton. С большим трудом Сенне и Бергеру удалось одержать пять побед и с 99 очками занять второе место в Кубке Конструкторов и четвертое и пятое - в Личном Зачете. Honda, не удовлетворенная такими результатами, к концу сезона объявила о прекращении своей спортивной программы. Деннис обратился было к французам из Renault с просьбой о поставке двигателей, но получил отказ, и в 1993 году McLaren использовал обыкновенные Ford; Сенна, раздосадованный своим четвертым местом, хотел было уже уходить в Indycar, и лишь в самый последний момент Деннису удалось уговорить его остаться. Айртон все же не захотел подписывать контракт на целый год и заключал новый на каждые несколько гонок. Ушедшего в Ferrari Бергера сменил Майкл Андретти.
Проиграв Просту на Williams в Кьялами, Сенна затем победил в Бразилии и продемонстрировал миру фантастическую езду в Донингтоне. В Монако он выиграл шестой раз в карьере, но после победной серии Проста и такой же серии неприятностей у себя оказался в чемпионате вторым, сумев занять это место только благодаря победам в Японии и Австралии - Дэймон Хилл отстал всего на четыре очка. Андретти, от которого ждали побед, также разочаровал своих поклонников, взяв всего семь очков. Так в Эшториле за руль второго McLaren уселся тест-пилот Мика Хаккинен, с которым после отлично проведенного конца сезона был подписан контракт и на следующий год.
После второго поражения удержать Сенну от перехода в Williams Деннис не смог, и, желая хоть как-то компенсировать эту потерю, произвел комплекс грандиозных реформ. Моторы Ford, за новые версии которых в 1993 году приходилось вести ожесточенную борьбу с Benetton, уступили место Peugeot - рискованный шаг, который, однако, мог привести к большому успеху в будущем. Но самую большую активность Рон проявил в выборе пилотов. Проваливший сезон 1993 года Андретти уже явно не мог рассчитывать на место в команде, несмотря на существовавшую между ним и Деннисом предварительную договоренность на 1994 - 1995 годы. Рон попытался уговорить Проста вернуться в Формулу-1, как двенадцатью годами раньше - Лауду, но не преуспел в этом. Затем он, по некоторым сведениям, встретился с Шумахером, но тот, избалованный тепличными условиями, созданными ему в Benetton, не захотел переходить в McLaren. В итоге компанию Хаккинену в 1994 году составил Мартин Брандл: предстояла огромная работа по доводке французских моторов, и способности Мартина как тест-пилота, без сомнения, сыграли решающую роль в приглашении его в команду.
Стоило только начаться сезону, как стало очевидным: McLaren переживает второй в своей истории кризис. За всю первую половину сезона Хаккинен и Брандл набрали только 14 очков: моторы Peugeot горели ярким пламенем почти в каждом Гран При, шасси MP4/9, согласно новому регламенту не имевшее электроники, оказалось просто неуправляемым. Только после Венгрии очки в копилку McLaren стали добавляться регулярно, но отнюдь не по десять - пятнадцать, как бывало раньше, а по четыре - шесть. Что просто унизительно для команды, чей "дорожный каток" еще три - четыре года назад катился по автодромам мира, сминая всех соперников без разбора в одну серую массу! И Деннис не выдержал. Осенью он разорвал контракт с Peugeot, отдав предпочтение Mercedes Benz, а на "Сузуке" на созванной по этому поводу пресс-конференции, прокомментировав ситуацию, вдруг заявил буквально следующее: "Формула-1 больше не составляет главного интереса моей жизни". Сенсация получилась - что надо. Рон, несокрушимый Рон, ключевая фигура всех успехов McLaren на протяжении последних четырнадцати лет, и вдруг говорит такое! Видно, действительно подгнило что-то в Датском королевстве...
Как только первый шок прошел, начались всевозможные догадки о том, что Деннис собирается делать дальше и кто сменит его в McLaren. Наиболее вероятным казался вариант, при котором Рон отправлялся готовить McLaren F1 для гонок GT, а его место занимал Роджер Пенске, связанный с McLaren как через Marlboro, так и через Mercedes. Однако время шло, а Рон не торопился уходить. Наоборот, он предпринимал активные действия с целью вернуть своей команде ее былую славу. Во всяком случае, именно к McLaren были приковано большинство взоров перед началом сезона-1995 - новый McLaren Mercedes-MP4/10, имевший уродливый зубилообразный нос и необычное среднее антикрыло на верхнем воздухозаборнике, должен был вывести на старт сам Найджел Мэнселл! От него ждали чуть ли не чудес, сам Фрэнк Уильямс, в конце 1994 года отказавшийся подписывать контракт с Мэнселлом, проговорился: "Если Найджел начнет побеждать, для нас это будет кошмаром". Хаккинен остался на своем месте и тоже желал доказать всем, что впечатление, произведенное им в конце 1993 года, было не случайным.
Хотели как лучше, а получилось... нет, даже не как всегда, а еще хуже. Мэнселл, например, не смог нормально разместиться в кокпите "этажерки" и пропустил два первых этапа в ожидании специально построенного шасси. После дисквалификации Шумахера и Култхарда на Гран При Бразилии, Хаккинен и Марк Бланделл одно время шли на втором и четвертом местах в чемпионате, но затем обоих реабилитировали, и у McLaren вместо девяти очков оказалось четыре. Мэнселл, выйдя наконец на старт в Имоле на автомобиле с расширенным кокпитом, с девятого стартового места финишировал десятым, а в Испании сошел с трассы и после этого Гран При разорвал контракт с McLaren, ругая MP4/10 на чем свет стоит. Обиды экс-чемпиона были вполне справедливы: "этажерка" стала одним из самых неудачных автомобилей McLaren, не приносили пользы и многочисленные модернизации по ходу сезона (в результате одной из них машина лишилась своего среднего антикрыла). Соперниками McLaren являлись не Williams, Benetton и Ferrari, а Ligier, Jordan и Sauber. В первой половине чемпионата эти три середняка постоянно опережали McLaren, и только к осени команда словно проснулась и благодаря двум вторым местам Хаккинена в Монце и Сузуке вышла на свое, становившееся уже привычным, четвертое место в Кубке Конструкторов, набрав, правда, почти в полтора раза меньше очков, чем год назад. Не улучшила настроения и страшная авария Хаккинена в Австралии, в которой он чудом остался жив.